Die Funktionelle Entspannung (FE) wurde in den 1940er Jahren von der Gymnastiklehrerin Marianne Fuchs (1908-2010) begründet. Die erste erfolgreiche Krankenbehandlung fand bei ihrem 1½-jährigen Sohn statt. Durch eine behutsame Beeinflussung des Atemrhythmus besserte sich die spastische Bronchitis des Kindes; dies gilt als die Geburtsstunde der Funktionellen Entspannung.
Unter dem Einfluss der Tiefenpsychologie und Anthropologischen Medizin entwickelte Marianne Fuchs zusammen mit Viktor von Weizsäcker die Methode an den Universitätskliniken Marburg und Heidelberg weiter. Zunächst bekannt unter dem Namen „Atemrythmisierende Entspannung“, galt die Methode wegen ihrer unmittelbaren Wirkung bei funktionellen Störungen als gute Ergänzung der verbalen Bearbeitung neurotischer Konflikte und ist seitdem in der Psychosomatischen Medizin beheimatet. An vielen psychosomatischen Kliniken und Abteilungen wurde sie fester Bestandteil der stationären Psychotherapie.
1949 veröffentlichte die Zeitschrift „Psyche“ die Wirkung der „Atemrhythmisierenden Entspannung“ bei der Behandlung vegetativer Störungen. Einzelfall- Studien und klinische Studien folgten und zeigten die Wirksamkeit bei psychischen und psychosomatischen Störungen, etwa bei Asthma bronchiale, Reizdarmsyndrom, Hypertonie und Angststörungen.
1972 wurde die Methode in Funktionelle Entspannung umbenannt, 1974 die Arbeitsgemeinschaft Funktionelle Entspannung (A.F.E.) als gemeinnütziger Verein gegründet.
1974 erschien die erste Auflage von Marianne Fuchs: Funktionelle Entspannung. Theorie und Praxis eines körperbezogenen Psychotherapieverfahrens. Das Buch ist inzwischen in der 7. Auflage erschienen und über die A.F.E. Geschäftsstelle erhältlich.
Die Arbeitsgruppe „Subjektive Anatomie“ führte den integrativen Ansatz der Funktionellen Entspannung weiter. Im Rahmen eines interdisziplinären Austauschs zwischen Psychosomatikern, Körperpsychotherapeuten und Philosophen unter Leitung von Marianne Fuchs und Thure von Uexküll wurde in den 1990er Jahren ein Konzept des lebendigen, erfahrbaren Organismus formuliert.
Erkenntnisse der psychoanalytischen Selbstpsychologie, der empirischen Säuglingsforschung und der Neurowissenschaften erweiterten seitdem das Verständnis der Methode und gaben neue Impulse für Praxis, Forschung und Weiterbildung.
Die Funktionelle Entspannung versteht sich heute als ein wissenschaftlich begründetes psychodynamisches Körperpsychotherapie-Verfahren. Die Arbeitsgemeinschaft Funktionelle Entspannung ist Mitglied der Deutschen Gesellschaft für Körperpsychotherapie (dgk) bzw. der European Association for Body Psychotherapy (EABP).